Ruang Sterilisasi Pusat (CSSD) RSUD Tarakan mempunyai fungsi menerima, memproses, memproduksi, mensterilkan menyimpan serta mendristribusikan instrumen medis yang telah disterilkan ke berbagai ruangan untuk kepentingan dokter dalam melakukan tindakan pengobatan pasien.
Kegiatan utama dalam ruang CSSD adalah dekonta-minasi instrumen dan linen baik yang bekas pakai maupun yang baru serta bahan pembekalan baru.
Dekontaminasi merupakan proses mengurangi jumlah pencemar mikroorganisme atau substansi lain yang berbahaya baik secara fisik atau kimia sehingga aman untuk penanganan lebih lanjut. Proses dekontaminasi meliputi proses perendaman, pencucian, pengeringan sampai dengan proses sterilisasi itu sendiri. Barang/ bahan yang di dekontaminasi di CSSD seperti Baju OK, Instrumen, sarung tangan, kasa/ pembalut, linen, kapas.
Sistem ini merupakan salah satu upaya untuk program pengendalian infeksi, di RSUD Tarakan dimana merupakan suatu keharusan untuk melindungi pasien dari kejangkitan infeksi.