Sanitasi RSUD Tarakan merupakan bagian dari kesehatan lingkungan yang meliputi :
1. Kesehatan lingkungan rumah sakit
2. Ruang bangunan
3. Penyehatan makanan dan minuman
4. Penyehatan air
5. Pengolahan limbah
6. Pengendalian serangga dan tikus
7. Dekontaminasi melalui disinfeksi dan sterilisasi
8. Pengamanan radiasi
9. Penyuluhan kesehatan lingkungan
10. Instansi sanitasi rumah sakit