Pelayanan kesehatan ibu dan anak adalah upaya di bidang kesehatan yang menyangkut pelayanan dan pemeliharaan ibu hamil, ibu menyusui, bayi dan anak balita serta anak prasekolah. Tujuan Pelayanan Kesehatan Ibu dan anak adalah tercapainya kemampuan hidup sehat melalui peningkatan derajat kesehatan yang optimal, bagi ibu dan keluarganya.
RSUD Tarakan berkomitmen memberikan pelayanan kesehatan bagi Ibu dan Anak yang komprehensif dimulai dari Ante Natal Care (ANC) oleh dokter spesialis dan subspesialis kebidanan dan kandungan serta dukungan perawatan oleh dokter spesialis dan subspesialis kesehatan anak.
Selain itu RSUD Tarakan memiliki fasilitas rawat intensif bagi bayi dan anak yaitu Neonatal Intensive Care Unit (NICU) dan Pediatric Intensive Care Unit.