Layanan Medical Check Up (MCU) terdiri dari berbagai rangkaian pemeriksaan yang dapat memfasilitasi masyarakat untuk mengetahui status kesehatannya. MCU RSUD Tarakan telah menerapkan sistem layanan satu area (one stop area), sehingga pasien dapat mudah memperoleh pelayanan pada satu area.
Pada tahun 2022 Layanan Medical Check Up telah melayani sebanyak 4.069 pasien. Layanan MCU juga telah bekerja sama dengan beberapa instansi pemerintahan maupun swasta. Beberapa paket pelayanan Medical Check Up yang disediakan oleh RSUD Tarakan antara lain :